В мае 2009 года было возбуждено уголовное дело в связи с хищением неизвестными в 2004-2005 годах бюджетных денег, выделенных МИСиС на реконструкцию одного из учебных зданий. Санкция соответствующей статьи — о мошенничестве — предполагает до десяти лет заключения.
Позже уголовное дело потеряли. Однако в 3 июня 2013 года расследование возобновили, в ходе него следствие дополнительно опросило сотрудников вуза и провело выемки документов в налоговых.
В МВД РФ в июне сообщили, что Ливанов и Третьяк в этом деле не фигурируют. Как пишет газета, теперь начальник главного следственного управления столичной полиции Владимир Морозов сообщил, что "выполняются следственные действия, необходимые для всестороннего и объективного расследования и проверки информации о возможной причастности к совершению преступления господ Ливанова и Третьяк".
"Ливанова и Третьяк для начала допросят в качестве свидетелей", — сообщает издание, объясняя это тем, что проверка будет проводиться в рамках уже возбужденного дела.
